Báthory Zsigmondról alighanem keveset hallunk manapság. Uralkodása alapvetően az Erdélyi Fejedelemség első aranykorának a lezárása volt. Ez azonban csak részben köszönhető a képességeinek vagy azok hiányának, sokkal inkább a tizenöt éves háborúnak. A lemondások számában azonban alighanem ő tartja a rekordot a magyar történelemben. Az ingatag természete mögött az erdélyi fejedelem talán egy olyan vonása állt, amellyel nehezen tudott megküzdeni: nem a nőkhöz vonzódott.
Amikor 1586-ban Báthory Zsigmond Erdély trónjára került, egy hosszabb ideje tartó békés periódus tartott. Nagybátyja, Báthory István erdélyi fejedelem és lengyel király egyértelműen őt szánta utódául a kiterjedt famíliából. Különösen azt követően, hogy Zsigmond édesapja, Báthory Kristóf elhunyt. Amikor Báthory István is meghalt, Zsigmond mindössze 14 éves volt, bár lényegében akadálytalanul vehette át a fejedelemséget, folytatódott az a megoldás, hogy helyette idősebb tanácsadók kormányoztak.
1588-ban vehette át a kormányzást. A legfontosabb tanácsadójának ekkor is, és később is, Bocskai István, a fejdelem anyai nagybátyja számított. Első intézkedésként, amire a rendek kényszerítették, ki kellett űznie a jezsuitákat Erdélyből. A fiatal fejedelemnek ez azért mehetett nehezen, mert nagybátyja intézkedésének köszönhetően jezsuiták nevelték. Báthory Zsigmond élete során egyébként is ragaszkodott a katolicizmusához, ami megnehezítette a dolgát a protestáns többségű országa uralásában. A jezsuiták kiűzéséért 1588-ban a pápa kiátkozta, de unokatestvére, Báthory András bíboros kijárta azt, hogy 1590-ben elengedjék az egyházi átkot.
Báthory Zsigmond erdélyi fejedelem
A jezsuiták kitiltását igyekezett visszavonni, egy másik fontos tanácsadója a gyóntatója, a jezsuita Alfonso Carillo atya volt, ám az országgyűlés a fejedelem eme szándékát folyamatosan igyekezett megtorpedózni. Közben unokatestvére, Báthory Boldizsár körül is formálódni kezdett egy csoport, ami hamarosan komoly politikai kihívást jelentett az ifjú erdélyi fejedelem számára.
1591-től megszaporodtak a határmenti összecsapások a királyi Magyarország és a törökök között, 1593-ban pedig a szultán hadat üzent Habsburg Rudolf császárnak. Báthory Zsigmond, főleg Bocskai és Carillo tanácsára, úgy döntött, hogy csatlakozik a törökellenes koalícióhoz. A rendek azonban a töröktől tartva elutasították a javaslatot. Az erdélyi fejedelem lemondott Báthory Boldizsár javára. Azonban Bocskai a háttérben addig szervezkedett, míg a döntéshozók hangulata meg nem fordult, Báthory Zsigmond pedig visszatérhetett. A törökpárti vezetőket rajtaütésszerűen elfogták, egy részüket lefejezték, másokat, köztük Báthory Boldizsárt is, a börtönükben megfojtották.
Báthory Boldizsár, az erdélyi fejedelem unokatestvére
Alfonso Carillo az erdélyi fejdelem nevében tárgyalva végül ettő alá hozta a szövetséget. Báthory Zsigmond birodalmi hercegi címet kapott, Erdély örökös urának ismerték el valamint megnyerte egy Habsburg hercegnő, Mária Krisztierna kezét. Ez nagy szónak számított, hiszen magyarországi előkelőnek Habsburg-házi menyasszonyt szinte sosem házasítottak ki, pedig Szapolyai János vagy Bethlen Gábor is kísérletet tett rá.
A házasság azonban katasztrofálisan sikerült. Az erdélyi fejedelem nem tudta elhálni a házasságot. Hogy pontosan miért, arra nem született végleges megfejtés. Az egyik verzió szerint egyszerűen impotens volt. Mivel Mária Krisztierna levelezése fennmaradt, tudjuk, hogy Báthory azt állította a feleségének, hogy régen csak olyan volt, mint a többi férfi, de Isten büntetése vagy valami rontás miatt nem jöt össze neki. Hogy változzon a dolog, beszerzett egy bűvös övet, ami azonban nem segített, így tűzbe dobta. Készíttetett egy orvosságot, amit viszont nem mert bevenni, mert attól félt, hogy árt neki. Viaszból elkészíttette a saját és a felesége képmását és egymásra fektettette őket, hátha segít, de ennek a kúrának sem volt eredménye.
Mária Krisztierna
A másik verzió szerint az erdélyi fejedelem egyszerűen melg volt. A fiatalkori kicsapongásnak és az ebből következő vérbajnak és impotenciának nincs jele a forrásokban. Benda Kálmán történész Báthory Zsigmond írásainak grafológiai lemzésére alapozta ezt a nézetét, ám a módszer finoman szólva sem állja ki a tudományos próbákat. Ráadásul az erdélyi fejedelem fiatalkorából egyetlen egy nőkkel folytatott kalandjáról vagy viszonyáról sem tudunk, pedig a kortársai, így például az általa kivégzett Báthory Boldizsár, bővelkedett ezekben.
Báthory Zsigmond dolgát ráadásul nemcsak a személyes tragédiája, hanem a forduló hadiszerencse is nehezítette. Míg eleinte a keresztény csapatok győztek a törökök felett, az 1596-os mezőkeresztesi vereség után a törökök kerültek fölénybe a harctéren. 1597-ben ezért lemondott a fejedelmi trónról, de az országgyűlés csak 1598 márciusában fogadta el. Augusztusban azonban Bocskai sürgetésére visszatért. 1599 augusztusában ismét lemondott, miután a törököket nem sikerült magával kibékítenie. 1601 áprilisában azonban lengyel segítséggel visszatért a trónra.
Ez az uralkodása azonban szintén nem tartott sokáig. A Habsburgok, szövetkezve a fejedelmi trónt átmenetileg megkaparintó Mihály havasalföldi vajdával, 1601. augusztus 3-án Goroszlónál legyőzték Báthory Zsigmondot. A katasztrofális vereségből azonban vissza tudott térni: török segítséggel novemberre ismét ő birtokolta Erdélyt, Kolozsvár kivételével. Ekkor tárgyalásokat kezdeményezett a Habsburgokkal, mivel a saját híveiben sem bízott. 1602 júliusában végleg elhagyta Erdélyt és a számára korábban biztosított sziléziai birtokain élt.
Báthory Zsigmond 1600 körül
A házasságát eddigre felbontották. 1598-as lemondása után Mária Krisztierna kormányozta Erdélyt. Meglepően pozitív emlékezete maradt, mivel a helyi viszonyokat ki akarta tanulni, hogy megfelelően kormányozzon, igaz, erre végül nem maradt sok ideje. Báthory Zsigmond a házasságuk alatt hol udvariasan, már-már barátian bánt vele, hol elküldte az udvartól Kővárba. Azt azonban szigorúan megtiltotta neki, hogy a házastársi kötelessége teljsítésével kapcsolatos gondjait mással megossza. (Igaz, az erdélyi fejedelem, más kortársaival ellentétben, a hibát magában és nem a feleségében kereste). Végül a házasságot 1599-ben Rómában a pápa felbontotta, mivel sosem hálták el.
Mária Krisztierna ezt követően apácazárdába vonult és ott fejezte be életét. Báthory Zsigmond Sziléziában élt. 1605-ben megpróbálták Bocskaival szemben felléptetni, ám sem Rudolf császár, sem pedig a spanyol és a velencei követ sürgetésére nem volt hajlandó a fejedelemségért ismét harcba szállni. 1610-ben aztán az amúgy is paranoid Rudolf császár meggyanúsította azzal, hogy része egy ellene szőtt összeesküvésnek, ezért Prágában bezáratta. Miután tisztázta magát, még néhány évig élt, 1613-ban hunyt el.